被各国分割统治的中世纪的神州·日本。在那上空中由八艘船组成的都市舰“武藏”航行着……在遥远的未来。经过了“重奏统合争乱”，并把联繫着人类的命运的“圣谱”作为原本历史的再现而执行的各国。然后，是各式各样把迷惑与决意藏于胸口，前进开拓着未来的人们。把互相重合的中世纪世界作为舞台，学生们在学园国家间的抗争正式上演了！

康娜村是个水土肥沃盛产稻米的好地方，只是当地的村民并没有因此而过上幸福安康的生活，因为每次只要到了收割的季节，都会出现巨大的机械山贼前来抢夺粮食，如果反抗，就会连性命都丢掉。面对不反抗就要饿死的命运，村里人终于决定派出水巫女云母和云母的妹妹小町、村里的年青人利吉一起去城里寻找有能力对抗机械山贼的武士来拯救康娜村。

　　三人背着整整一袋的稻米去了充斥着人流和机械的虹雅溪，在那里首先遇到了以成为真正的武士为目标的胜四郎，可是云母随身携带的水晶却不承认胜四郎的能力。终于，在一场事故中云母等遇到了办事干脆利落的堪兵卫，认定能够拯救村庄的人就是他了！于是提出了用一日三餐来交换武士们的保护。在堪兵卫的带领下，先后又加入了菊千代、五六兵卫、平八、七郎次、久藏，而胜四郎也因为他自己的不懈努力终于成为七武士之一。

　　历经波折达到康娜村后，武士们教导村民们如何防御和建立了一系列的防御公事，一切准备就绪后，巨大的机械兵来了，可是打败这些机械兵后他们发现，事情并没有那么简单，这些山贼是受了政府指使的，为了让同样的事情不再发生，堪兵卫他们决定干脆做得彻底一些。这个时候，虹雅溪的巨商绫麻吕之子右京也发现了关于他身世的惊天秘密，原来，他是国家真正管理者为了寻找自己的继承人而创造的克隆体之一，右京凭借着自己非凡的能力，如愿以偿地篡夺了对国家的掌控权，于是，武士对山贼演变成了武士对右京所代表的政府……