木春由乃(七濑彩夏配音)是一名二十岁的平凡少女,孤身一人千里迢迢来到繁华的大都市东京,本以为能够在这里闯出一片属于自己的新的天地,哪知道面试了三十家公司都均已落选告终。一时之间,由乃不知道自己的未来该何去何从。在最迷惘的时刻,由乃接到了一份来自间野山市的邀请函,邀请她前往那里就职,而她的职位竟然是“国王”。原来,间野山市曾经作为“迷你独立国”而名噪一时,然而,经济泡沫破裂之后,这个小小的国家便立刻沦为了无人问津的普通观光地。而由乃的任务,就是担任间野山观光协会的会长一职,重振间野山市的辉煌。
二十世纪初的日本太正时代,自明治维新以来的文明开化已进行了五十余年。随着西洋文化和日本传统文化的交汇融合,帝都·东京逐渐成为现代化建筑鳞次栉比,蒸汽铁道、地下铁道纵横交错,马车、人力车、蒸汽车川流不息的繁华都市。然而,这也是一座有着怪物和咒术等非现实存在的魔幻都市。
为了对抗从地底出现的强大魔物“降魔”,陆军成立了由将校中的灵能者组成的特殊部队——对降魔部队,成员即“二刀二剑”的4位继承者:米田一基,持有“神刀·灭却”;山崎真之介,持有“光刀·无形”;藤枝菖蒲,持有“神剑·白羽鸟”;真宫寺一马,持有“灵剑·荒鹰”。四人仅凭自己的血肉之躯和手中的神剑与魔物作战,史称“降魔战争”。激战的结果,陷入绝境的对降魔部队被迫使出最后的手段——利用“魔神器”发动“破邪之血”。魔神器即日本上古时代流传下来的三种祭器:剑、珠、玉,可以成为魔力的增幅器。继承真宫寺家“破邪之血”的一马,以自己的生命为代价用魔神器将降魔们封印,而山崎真之介也在此战中失踪……
太正十一年,以妖僧天海为首的邪恶组织“黑之巢会”蠢蠢欲动。仇视近代文明的天海为了复辟德川幕府的统治,率领手下的死天王葵叉丹、弥勒、修罗、罗刹,操纵着利用古代咒法生出的魔物——魔操机兵在帝都展开了破坏活动。为了对抗这新的威胁、守护帝都和民众,在花小路伯爵的大力支持下,新的政府直属对降魔组织——帝国华击团(简称“帝击”)·花组成立了。在米田一基、藤枝菖蒲的领导下,花组集结了6名具备高灵力的少女:真宫寺一马的女儿、灵剑·荒鹰的继承者真宫寺樱;神崎财阀总帅忠义的孙女、精通神崎风尘流长刀术的神崎堇;俄国革命的勇士、曾有“食火鸟”之称的玛丽亚·橘;自幼就因超常的灵力被与世隔绝、年仅10岁的法国贵族千金爱丽丝;在辛亥革命的战乱中失去亲人、精通机械的中国少女李红兰;以及桐岛流空手的正统传人、身高近2米的桐岛神奈。同时,基于山崎真之介留下的设计,由神崎重工完成了对降魔用灵子甲胄“光武”。以银座大帝国剧场为基地、平日以歌剧团面目出现来掩人耳目的花组,在魔物出现时就会变为守护帝都的战士,驾驶光武与敌人作战。
太正十二年春,苦于战力及协作性不足的花组来了一位新队长——海军少尉大神一郎,《樱花大战》的故事也就从这里开始了......