在一次邂逅中得到死神的力量而成为“代理死神”的黑崎一护，被卷入死在现世的魂魄所聚集的地方——尸魂界的动乱中，在激烈的战斗中和同伴一起也成长了很多。
因为一护的生活，所生活的空座町发生了异变。
新的死神和新的敌人的出现，以及呼救声。
一护再次拿起斩魄刀，秀美味踏上战场。
另一方面，在尸魂界观测到现世中的虚突然连续消失被引导到这片土地的灵魂所生活的流魂街居民们发生了失踪并且死神们驻守的灵屋?瀞灵廷被贼军袭击。
贼军的真实身份是灭却师始祖?友哈巴赫所率领的“无形帝国”。
“无形帝国”向死神们宣战。
5天后，尸魂界被“无形帝国”歼灭
历经千年之久死神们所背负的因缘。
那个宿命和隐藏的真相终于被揭开。
一切都走向终结。
黑崎一护，最后的战斗开始了——
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靠一己之力，独自击败了魔王军四天王的勇者雷欧·德蒙哈德。在成功讨伐魔王之后，因拥有太强的力量，被人民所忌惮，后加入了魔王军...
观束总二（岛崎信长配音）是一位各方面看来都十分平凡的高中男生，要说唯一的不同，那就是他对于双马尾发型有着超乎常人的热爱和执念。某日，一位名叫朵艾儿（内田真礼配音）的神秘女子突然出现在总二的面前，来自异世界的她的出现彻底改变了总二的一生。城镇之中忽然出现了大量来自异世界的怪物，彻底搅乱了人们平静的而生活，朵艾儿赋予了总二变身的力量，总二变身成为了红马尾战士（上坂堇配音），展开了和异形的殊死搏斗。随着时间的推移，津边爱香（相坂优歌配音）变身的蓝尾战士，神堂慧理那（赤崎千夏配音）变身的黄尾战士，依丝娜（日笠阳子配音）变身的黑尾战士纷纷加入战局。
康娜村是个水土肥沃盛产稻米的好地方，只是当地的村民并没有因此而过上幸福安康的生活，因为每次只要到了收割的季节，都会出现巨大的机械山贼前来抢夺粮食，如果反抗，就会连性命都丢掉。面对不反抗就要饿死的命运，村里人终于决定派出水巫女云母和云母的妹妹小町、村里的年青人利吉一起去城里寻找有能力对抗机械山贼的武士来拯救康娜村。
三人背着整整一袋的稻米去了充斥着人流和机械的虹雅溪，在那里首先遇到了以成为真正的武士为目标的胜四郎，可是云母随身携带的水晶却不承认胜四郎的能力。终于，在一场事故中云母等遇到了办事干脆利落的堪兵卫，认定能够拯救村庄的人就是他了！于是提出了用一日三餐来交换武士们的保护。在堪兵卫的带领下，先后又加入了菊千代、五六兵卫、平八、七郎次、久藏，而胜四郎也因为他自己的不懈努力终于成为七武士之一。
历经波折达到康娜村后，武士们教导村民们如何防御和建立了一系列的防御公事，一切准备就绪后，巨大的机械兵来了，可是打败这些机械兵后他们发现，事情并没有那么简单，这些山贼是受了政府指使的，为了让同样的事情不再发生，堪兵卫他们决定干脆做得彻底一些。这个时候，虹雅溪的巨商绫麻吕之子右京也发现了关于他身世的惊天秘密，原来，他是国家真正管理者为了寻找自己的继承人而创造的克隆体之一，右京凭借着自己非凡的能力，如愿以偿地篡夺了对国家的掌控权，于是，武士对山贼演变成了武士对右京所代表的政府……
