在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。

某日，一群使用风遁之术的空忍空袭火之国，无数民众和忍者遇害，形势危急。据纲手大人所言，这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团，如今他们怀着复仇之心再次出现。卡卡西（井上和彦 配音）等人则负责侦查空之团的老巢，鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、雏田（水樹奈々 配音）受命组成三人医疗小队，协助名医神农（石塚運昇 配音）前往其徒弟雨琉的家乡医治伤者。另一方面，病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成，他命佐助（杉山纪彰 配音）前去寻找神农。这也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢…… 　　本片为《火影忍者》第五部剧场版动画。

战争之后，日本被分为南北两个部分。美军统治下的青森县，少年藤泽浩纪和白川拓也都喜欢同年级的同学泽度佐由理。他们的心中都有佐由理，还有那个东西——边境以北的津轻海峡，日本北海道联盟建立的高耸云端的“塔”。巨大而神秘的的塔，是三位少年少女的向往，他们约定，建造小型飞机，飞向 塔去一探究竟。　　中学三年级佐由理转学到东京。两位少年放弃了制造飞机的打算。浩纪考进东京的高中，拓也继续留在青森的高中就学，彼此在各自的道路上越走越远。　　但是，多年后，佐由理在医院中陷入沉睡！这突如其来的病症让三人再次聚在一起。沉睡的病症，与塔的力量有神秘的联系，而塔本身，似乎也成了日本南北开战的据点。　　卷入战争与爱情的三人，到底是救佐由理，还是救世界！命运的解答，似乎就在云的那一端，他们曾经约定的地方。

他们是黑色教团的黑暗圣职者、拥有异能感的除魔师……
　　在很久很久以前，千年伯爵曾经想霸占地球，但，有人用神的力量消灭千年伯爵后世界恢复和平，但预言说：千年伯爵会再度来临……
　　如今，千年伯爵再次为了霸占世界！将死去的灵魂变成恶魔，但，将死去灵魂变成恶魔的人居然是它的最重要的人。他们不是故意将灵魂变成恶魔，而是他们很迷惘，相信了千年伯爵的话，以为能将死去的人复活过来。——但，不但不能将他们复活过来，而且让他们变成恶魔，变成千年伯爵的武器……那就是—“恶魔”！
　　由某个人发现一个石箱以后，一切都改变了！
　　对付恶魔，有一些被神的选中的使者能破坏恶魔，他们的组织是「黑色教团」！「黑色教团」的黑暗圣职者被成为—“除魔师”……他们拥有异能感的克魔武器。一切会被他们改变……他们是千年伯爵的克星……