某日,一群使用风遁之术的空忍空袭火之国,无数民众和忍者遇害,形势危急。据纲手大人所言,这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团,如今他们怀着复仇之心再次出现。卡卡西(井上和彦 配音)等人则负责侦查空之团的老巢,鸣人(竹内顺子 配音)、小樱(中村千绘 配音)、雏田(水樹奈々 配音)受命组成三人医疗小队,协助名医神农(石塚運昇 配音)前往其徒弟雨琉的家乡医治伤者。另一方面,病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成,他命佐助(杉山纪彰 配音)前去寻找神农。这也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢…… 本片为《火影忍者》第五部剧场版动画。
战争之后,日本被分为南北两个部分。美军统治下的青森县,少年藤泽浩纪和白川拓也都喜欢同年级的同学泽度佐由理。他们的心中都有佐由理,还有那个东西——边境以北的津轻海峡,日本北海道联盟建立的高耸云端的“塔”。巨大而神秘的的塔,是三位少年少女的向往,他们约定,建造小型飞机,飞向 塔去一探究竟。 中学三年级佐由理转学到东京。两位少年放弃了制造飞机的打算。浩纪考进东京的高中,拓也继续留在青森的高中就学,彼此在各自的道路上越走越远。 但是,多年后,佐由理在医院中陷入沉睡!这突如其来的病症让三人再次聚在一起。沉睡的病症,与塔的力量有神秘的联系,而塔本身,似乎也成了日本南北开战的据点。 卷入战争与爱情的三人,到底是救佐由理,还是救世界!命运的解答,似乎就在云的那一端,他们曾经约定的地方。