「頼んだぜ、アンちゃん。」 　　帝の崩御から始まったヤマトの動乱。ヤマトの皇女?アンジュの毒殺未遂の嫌疑から追われる身となった右近衛大将?オシュトル。彼は戦いの末、仮面＜アクルカ＞の力を使い果たし、肉体と魂は世界の一部と化した。その別れ際、友であるハクにアンジュとネコネの未来を託す。 　　オシュトルから仮面と意思を託されたハクは、ハクとしての人生を捨て、唯一事実を知るネコネを除いた皆に正体を偽り、仮面とともにオシュトルとして生きることを選んだ。 　　そしてエンナカムイに逃れ、回復の兆しを見せたアンジュは、父である帝が残した皇女の地位を取り戻したいと立ち上がる。一方、ヤマトでは混乱に乗じて、八柱将であるライコウが偽の皇女を擁立し、国を掌握しようとしていた。やがてヤマト軍の侵攻は、本物の皇女を排除すべくエンナカムイへも及び……。ヤマト全土を巻き込む戦乱が、幕を開ける...

2013年10～12月にテレビアニメが放送された京都アニメーション制作「境界の彼方」の劇場版2部作の後編。テレビ版総集編にあたる前編「過去篇」から1年後を舞台に、ヒロインの栗山未来らに起こる新たな出来事を描いた完全新作の劇場版。戦いが終わり、これまらまた普通の日々が始まると思っていた秋人と未来だったが、未来の記憶が失われてしまう。新学期を迎えても未来の記憶は戻らず、高校3年生に進級した秋人は未来の幸せを願い、彼女を避けるように生活していたが……。

世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动