《20世纪少年：第一部》1969年，全日本都在为即将举办的大阪世博会做准备，这股热潮也感染了孩子们。小学生贤治和伙伴们在荒地上搭起了一个秘密基地，大家经常聚在基地里畅想未来的壮阔冒险——野心勃勃的邪恶组织、巨型机器人、可怕的病毒、世界末日的临近……孩子们梦想成为拯救人类的正义英雄，捍卫世界的和平。贤治根据这些内容写成了《预言书》。
1997年，贤治早就放弃了当摇滚明星的梦想，勉强经营着没什么生意的便利店。姐姐雾子突然失踪，他收养了雾子的孩子神乃。
贤治身边发生了一连串的怪事，有人莫名其妙地消失，有人离奇地自杀身亡。这一切似乎与新兴宗教团体“朋友”有关。贤治吃惊地发现，这些怪事竟然和自己孩提时代写的《预言书》的内容一模一样。“朋友”的真面目是什么？他们真的要毁灭世界么？贤治和朋友们决心挺身对抗“朋友”，竭尽全力保卫世界。
2000年12月31日——预言书上的人类灭亡之日即将到来，这个世界能安然迎来二十一世纪么？
