福建沿海的一个美丽城市，一家小客栈借着政府鼓励的小三通的东风，生意办得红红火火。小客栈在为两岸的人们提供着便利的同时，也发生了很多感人的故事。客栈的主人蔡金龙是当年金门战役的老兵，努力经营着一家客栈，并有意让自己的儿子蔡解放和儿媳杜丽娜接过这摊子买卖。没想到的是，夫妻俩以离婚不离家而收场。随着台湾某船运公司经理陈世乡的到来，客栈所有的平衡被打破，陈世乡和杜丽娜有情人终成眷属。客栈里其他成员的故事同样精彩。杜丽娜的弟弟永远是英雄过不了美人关，最后发现自己的真爱原来是近在身边的在客栈酒吧里唱歌的方依依；给客栈负责菜食供应的赖木瓜也最终实现了他的大厨梦，并出人意料地迎娶了萧志玲。船来船往，故事不断。
人进人出，船来船往，来自四面八方的人在老榕树客栈里相遇，他们背景不同、出身不一，却在老榕树里发展出了一段段精采感人的故事。
老榕树就像是祖国的缩影，泱泱沛沛、相容并蓄地包容着每一个民族的子民，不管是闽南人、香港人、东北人、四川人，美籍华人，甚至是改革开放后，乘着〝小三通〞的船只过海而来的台湾人，他们相互之间，有矛盾也有沟通；有争执也有妥协；他们彼此扶持走过困难时刻，他们相互分享共度美好时光……
因为，他们都是中国人！
时装系列单元连续剧《船来船往》是以金厦等地的“小三通”为时代背景，以直航码头边的私家旅馆“老榕树大酒店”以及台湾人创办的“天天来大酒店”为主场景，以两家主人之间的竞争与互动，加上往来形形色色不同身份的房客为主要人物关系，进述了两岸人民同根同源、血肉相亲的动人故事，展开了一幕幕悲喜交织人间戏剧，本剧具有实景拍摄、取材实事的特点。
一水之隔，船来船往，客栈里，人群中……，无论寻亲探友、谒祖归宗、经商贸易、寻医问药、文化交流、宗教往来、观光旅游、婚丧嫁娶等林林种种的故事，无不折射出两岸民情、民生、民意的光芒。在不触动两岸政策法规、敏感话题的同时，使观众对本剧认同并具有亲和力。通过一个个生动的情节和鲜活的人物，关照着两岸和平、统一、发展的主题。
福建沿海，一处风景秀丽的海滨城市厦门，一直都是两岸往来的重要据点。尤其在小三通后，台海交流日益密切，客人往来不断，然而，位在厦门码头的老榕树客栈却因为经营不善，反而没有分沾到小三通所带来的庞大商机，依旧是门可罗雀。
老榕树客栈的老板蔡金龙，是一位战争英雄，退伍之后看上了这片美丽的大海，于是与友人投资这栋多年的老建筑，开启了他经营客栈的道路。然而时空变化，老一代的经营理念已经不符现代的要求，虽然求好心切，却总是力不从心，他的独生子蔡解放，醉心于木偶的世界里，对于客栈的经营一点都不放在心上，每天就是跟社团的人一同切磋、研究甚至是互相攀比自己拥有的珍奇木偶，让蔡金龙振乏力。
客栈的服务员阿娇，是一个勤快的惠安姑娘，每天都会把客栈打理的干干净净，一尘不染，但其年轻且天真，常常陷入自己的明星幻想世界，有些不踏实。
面对“厦金航线”开通，同业有如雨后春笋般掘起，老榕树大酒店已不敌竞争，生意逐健渐被比邻来自台湾创业的“天天来大酒店”总经理吴俊男等人所抢走。
有鉴于此，东家易主为了利益上的考虑，决议由北京请来专业的管理者杜丽娜来提升业绩。
精明能干的杜丽娜为老榕树客栈带来了新气象以及新规则。一开始，蔡解放与阿娇都无法适应杜丽娜的独断独行，但为了老榕树的将来与蔡金龙强烈的要求，忍受杜丽娜所带来严格的新制度、新规矩。
在杜丽娜的大刀阔斧下，客栈的生意渐渐地有了起色，也刺激了宿敌“天天来大酒店”的斗志振作，在生意上积极竞争，你来我往横生不少趣味。
随着人潮来的，就是忙碌。身兼厨师的蔡金龙无法负荷如此大的工作量，做出来的菜色渐渐失去统一标准，让不少慕名而来的客人都颇有怨言。杜丽娜深知这样下去，好不容易建立出来的口碑将会毁于一旦，因此起了请新大厨的念头。一个个性、厨艺都迥异常人名厨－鲍鱼佬，因缘际会地来到了这里，成为了老榕树客栈里关键的一员。
故事从杜丽娜应聘为老榕树的总经理以及鲍鱼巧妙加入下，“老榕树大酒店”与“天天来大酒店”，竞争越来越激烈，在这南来北往的要道上，开启了一幕幕温馨感人、幽默逗趣的故事，而两岸三地同根同源的情谊不知不觉之中，已然融合，毕竟……大家都是中国人。
武林中女魔头－天魔（杨紫琼饰），收买黄柠檬（张卫健饰）及红柠檬（宛琼丹饰），前往乌龙院砍下面壁大师（郑少秋饰）的右手掌，带回天魔古堡。
乌龙院主持长眉大师（李明炀饰）有三名弟子：一是俗家弟子－老夫子（吴孟达饰）、另一是古灵精怪四岁神童－释小文，还有一个武术过目不忘的武学奇才－释小龙（释小龙饰），师父虽然想好好管教这几名弟子，但不论采用任何方法，都会被三人找到破解的方法，乌龙院的生活便在师父与弟子的不断斗法下渡过。
黄柠檬潜入乌龙院，遂打听面壁大师的下落，并准备一一暗杀乌龙院众人。[2]但不论他如何计划，总是阴差阳错的失败，并总是自食其果。
红柠檬化装成自杀未遂的苦命女小红（叶全真饰），博取了小文、小龙和老夫子及师父的同情后，混入了乌龙院暂住。
小红色诱老夫子，引得他四八年华春心动，并套问出面壁大师住在后山的山洞之中…
然更令怀玉震惊的，竟是玉镯里藏了一个奇怪的老头子？老头子自称是河伯， 怀玉传奇千金妈祖
原是漳州城外的河神，因故被千年鲶鱼精赶走，只得落难住在这只古镯里面，现在好不容易碰上有缘人，便一直纠缠著怀玉，要怀玉帮他赶走这些恶妖，拯救当地百姓，怀玉却怎麼也不信，只知道这老头子半夜跑来她房里一定有不良企图，遂差人拿扫把轰他出去，谁知河伯竟凭空消失，怀玉觉玉镯有鬼，欲拔掉玉镯却怎麼都拔不掉，河伯暗笑，这下他跟定她了。 河伯原以为妈祖派来的人，肯定是位慈眉善目、个性温柔的女子，没想到这怀玉郡主的个性与他想像的完全不同，不但泼辣、冲动，还动不动就与他斗嘴，河伯常被气的快呼吸不过来，要不是为了完成任务，他才不愿一天到晚受怀玉的气。 不过，怀玉郡主做事虽然有些冲动，但她的心肠却相当慈悲，尤其见到穷人被欺侮，一定毫不思考马上拔刀相助，却也因此常冲过了头；後听闻河伯说起千年鲶鱼精作乱，会危害百姓与朝廷，遂义不容辞要对付千年鲶鱼精。 狡猾的千年鲶鱼精其实早已幻化成一忧子道长，委身在当朝太子翰宇身旁当策士，为了对付最有可能与太子竞争皇位的七皇子翰文，遂下到漳州想置翰文於死。 而翰文来到漳州的目的，其实是想暗中查探漳州郡王陈龙湖是否有叛变之心，没想到，在一次偶然的误会下，和怀玉不打不相识，两人平时就爱斗嘴、打闹，俨然是一对欢喜冤家。 怀玉与翰文为了破解一忧子所摆，足以控制皇室的水龙阵式，遂冒险去寻『碧玉明火』，没想，一路上危险重重，翰文与怀玉几度面临生命危险，然，就在不知不觉中，翰文的心思却已逐渐被怀玉的一颦一笑所占据…… 太子翰宇为了置翰文於死，亦因缘际会认识个性泼辣的怀玉，没想，太子竟相当欣赏怀玉直率的个性，为了拉拢漳州郡王陈龙湖，又为了迎娶美娇娘，遂大胆向陈家提亲，欲娶怀玉。 怀玉面对七皇子翰文与太子殿下翰宇的追求，究竟要如何处理这桩错综复杂的感情？又要如何帮助河伯对付千年鲶鱼精？怀玉下凡又将如何一一渡过九死一生的劫难？最後又为何会得道成仙，成为人人敬重的二妈？
