在银河的中心支配着宇宙的贵族联合舰队与在贵族联合军中展露头角的威提率领的新贵族舰队之间爆发了战争。这场关系到宇宙命运的激战以新贵族舰队的胜利而谢幕。在那之后，威提树立了神圣帝国，并自封为了初代皇帝。但是，和平并没有因此而降临，新的暴动还是来临了……
在米歇尔的领导下，反威提政权的人民军成立了。一天，他们潜入了贵族的结婚仪式，成功地夺取了领土战舰，对马克尼率领的神圣皇帝军舰队进行了追击。就在敌人投降的时候，一道割裂宇宙的光芒贯穿了马克尼的巨大战舰。这道光，正是古雷奥所率领的琉璃战舰那压倒性力量的证明。继承了王家血统，以复兴王家为目标而打算用一艘战舰夺取天下的王者，就是此舰的舰长古雷奥。在他的眼中，米歇尔就是新时代的救世主。另一方面，威提与十字星教法王葛鲁拿的女而雷切儿签定了婚约，但是时候尚早，双方并没有进一步发展。而在那个夜晚的化装舞会上，他与另一个素未谋面的女性邂逅了，他的命运之路会通向何方呢……
本片是日本科幻小说大师筒井康隆出版于1965年的名作，曾经被多次改编成电视剧和电影。而这次是该作品的首部动画版。
故事讲述名叫绀野真琴的17岁普通高中生，在一次车祸后，获得了穿越时空的能力。经过多次练习真琴掌握了穿越时空的方法，经常用这个方法来解决生活中的麻烦事。
真琴和同班的两个男生－－间宫千昭以及津田功介非常要好，三人一直是好朋友。而千昭突然向真琴表白爱意，令她十分困扰。真琴用穿越时空回到过去的方法抹消了这次告白，她希望能一直和他们保持好朋友的关系。不料，同学友梨向千昭告白，而暗恋功介的果步又找真琴来商量。为了帮助朋友真琴不断用穿越时空的能力，但事情反而越来越乱……
