一场瘟疫消灭了世界上百分之九十九的人类，其余的都转移到地下。科学家把一个囚犯送回到90年代，来调查该病毒跟一个病毒专家的儿子之间究竟有什么关联。该囚犯的记忆中只留下两条微弱的线索:他挥之不去的童年回忆，以及“十二只猴子”的难解记号。
又名：水世界
公元2500年，由于地球两极冰层融化，世界变得汪洋一片，人们只有在水上生活。一名孤独的海行者来到了浮岛阿托尔，用一罐泥土交换水和番茄苗。在那个时候，泥土是极其珍贵的东西。
正当他准备离开时，他和岛上的人发生了冲突。岛上的居民发现他是一个长着鳃和蹼的变体人，把他关了起来。 正当岛上居民要处死海行者时，阿托尔受到了海盗“烟民”的袭击。海伦和她的养女伊萝娜没有能赶上老人维格的气球逃生，于是救出了即将沉入泥浆池的海行者，要求他带她们逃出阿托尔。海行者靠着他过人的机智勇敢和那艘神奇的帆船冲出了阿托尔，并巧妙地诱使“烟民”的重型火力击毁了他们的旗舰。匪首迪肯失去了一只眼睛，他发誓要报复海行者。 “烟民”进攻阿托尔的目的是为了寻找小女孩伊萝娜。在她的背上刺有一幅标明着神秘的传说中的陆地方位的地图。为此她不断受到迪肯的追捕。
