最后2集为OP
历史动荡的幕末年代，拥有“霸者之首”的人便可以获得天下，而这个被视为“至宝”的“霸者之首”顺理成章地成为人们追逐的目标。作为“永远的刺客”，持有灵刀·月泪刀的秋月耀次郎的宿命就是要封印“霸者之首”。以平息人世间的战乱，故事便在秋月耀次郎的游历过程中展开。
“霸者之首”在飘荡，各种各样的思想交织在一起，而这些思想，就像那咬合在一起的齿轮一样，最终令时代的车轮转动了起来！
故事背景于未来世界，人类已由地球移民到其他星系居住；人们为了贪求私欲，便开始研究及制造一种拥有独立思想及感觉的机械人 - Cylons 来为人类服务。但人们怎样也想不到，这些本应是帮助人类的机械人竟会调转头对抗自已，因此，人类与自已制造的机械人之战争便开始展开……
在经过数十年漫长、死伤无数的战争结朿后，人们本以为可得到和平的生活，但 Cylons 明白到即使在休战后始终没辨法与人类建立实际的外交关系，故 Cylons 开始密谋另一个对付人类的计划，这次它们将会制造一些与人类一模一样的机械人作间碟渗入人类世界，从而以里应外合的方法把人类消灭。
故事猹始于一个外交官去空间站，他没想到这年cylons派了人来，不是他所熟悉的那种机器人，居然是个美女（间谍，复制人，有12个一模一样的）。和平被打破了，cylon悄悄地派出了美女谍进入人类殖民地，并摧毁了人类所有的电脑系统之后发动了攻击。赖以电脑网络生存的人类军队无力反抗，一天之内，cylon几乎消灭了12个殖民地，以及大部分的太空舰队。战舰Galactica由于拒绝接入电脑网络，并且有着优秀的主角们得以生存。人类再次挣扎着……
