亞丁頓教授召結了一群在心理臨床領域表現傑出的得意門生，展開一項神秘研究。年僅14歲的117病患小萊，五歲就被送到收容機構與世隔絕，她似乎擁有能預知並操弄人心的神秘力量。因此，研究員們只能透過監視螢幕，遠端觀看小萊的生活影像，然而，其中一名研究員麥蒂遜開始覺得事情有些不對勁，她發現自己腦海漸漸被小萊的聲音盤據，不時出現斷片的狀況，甚至接連有研究員離奇喪命，且事發時間都與小萊的異常反應時間重疊。隨著麥蒂遜鍥而不捨地追查，隱藏在單純研究背後的恐怖真相也將呼之欲出。
上回说到NEO同学终于意识到自己的能力和使命，在中弹“复活”的同时，他也变成了无所不能“救世主”。结尾的“飞升”象征着人类超级英雄的诞生：NEO将带领锡安基地的人民，打响对机器世界的反击战，并将以胜利者的姿态结束这场战斗，还人类以自由之身。他的使命会实现吗？矩阵会那么甘心被摧毁吗？
实际上，整个《重装上阵》是NEO探寻自己使命背后真相的过程，他要为自己的行动寻找一个可以接受的理由。在上集打败密探史密斯、救出墨菲斯之后，NEO随同亲密爱人翠尼蒂和其他战友一起，乘坐Nebuchadnezzar号飞船返回地球上最后一个人类据点——锡安基地。在那里，他们和其他自由战士们聚集到了一起，其中包括墨菲斯的甜蜜冤家——奈奥比美眉。另外，基地的政治家们也上场了。
就在这时，矩阵系统决定“先下手为强”，派遣了为数250000的电子乌贼大军，开始进攻锡安基地，积弱的基地防守力量根本不足以对抗如此强大的机甲兵团，看来人类最后的香火也岌岌可危；当然，墨菲斯他们的飞船上有各种各样的资料，自然少不了中国那几本名为《左传》《史记》之类古籍的电子版本，NEO他们一下便想到了“围魏救赵”的良策，决定再次潜入矩阵，从内部破坏它，最后达到消灭机甲兵团的目的……
假若明天这场战争能够结束？难道不值得为之战斗吗？难道不值得为之牺牲吗？
当尼奥提出墨菲斯和崔妮蒂以前都问过的问题时，他做出了一个代价很大的决定，他要寻找并接受真相，将他的灵魂从母体中释放。
一切都从“选择”开始。
现在，当人类最后的城市锡安陷入机器军队的包围时，尼奥充分发挥了他的超能力。短短几个小时要把人类最后的领土从25,000个专门摧毁人类的电脑哨兵手中解救出来。不过，墨菲斯的信念鼓舞了锡安的人们，他们相信“救世主”尼奥将实现先知的预言，结束与机器们的战争。他们把所有的希望都寄托在尼奥的身上。而尼奥在寻找行动的方向时，发现自己陷入令人烦恼的幻觉之中。
为爱情和信念所激励，尼奥和崔妮蒂选择了与墨菲斯一起回到母体，运用他们非凡的技巧和装备，对抗电脑系统的压制和利用。然而，母体内部存在着强大的力量反对他们的自由抉择。
与此同时存在的还有被母体流放的特工史密斯，因为与尼奥解不开的联系迫使他违背系统，导致他被系统删除。一度被他轻视的“人性”驱使他向尼奥进行无穷无尽的复仇。
在进一步了解母体结构的危险旅途中，作为人类命运的关键人物，尼奥将遭遇更大的对抗，面对他无论如何都想象不到的，更惊人的真相和更加困难的选择。
在爱情与真相、信念与知识、目的和动机交错之中，尼奥必须顺着自己选择的方向走下去。“如果我无能为力？”他问，“如果我失败了呢？”
那么，锡安就会陷落。
艾迪，一个职业超级扒手;洛奇，艾迪的最佳帮手，他们是城中最厉害的扒窃组合，他们偷遍大街小巷，却不知怎地招惹到一群凶神恶煞，让艾迪和洛奇意外变成地下组织追杀目标，他们认为两人知道某些不可告人的真相，让艾迪和洛奇更是百思不得其解，因此开始跟踪黑帮老大艾尔，除了跟踪，两人还追问他的情妇，他的儿子，甚至他的司机，却发现艾尔已经在一场爆炸中死了，而随着艾尔的死亡，真相似乎也将永远消失...
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