故事的背景被设定于漫威电影宇宙（MCU）中，是漫威电影的衍生剧。本季的第一个情节于2015年9月23日在洛杉矶首演，计划22集，由ABC播出。复仇者联盟以及随后影响深远的纽约之战，让外星人和超能力者不再是坊间传说的秘密。纽约之战过后，世界格局即将重新洗牌，野心家们则蠢蠢欲动，神盾局面临前所未有的挑战。在此危急关头，一度传闻死于纽约的特工菲尔·科尔森探员（克拉克·格雷格 Clark Gregg 饰）“复活”，吸纳了身怀绝技的格兰特·沃德（布雷特·道顿Brett Dalton 饰）、梅琳达·梅（温明娜 Ming-Na Wen 饰）、莱奥·菲兹（伊恩·德·卡兹泰克Iain De Caestecker 饰）、珍玛·西蒙斯（伊丽莎白·亨斯屈奇 Elizabeth Henstridge 饰）以及来自黑客构成的民间团体涨潮组织的斯凯（汪可盈 Chloe Bennet 饰）加入进来。

    他们以一己凡人之力，投入到各种匪夷所思且疑云重重的危险事件的调查中去。

    在第二季中，罗伯特·冈萨雷兹被斯凯的母亲用水晶杀死，神盾局损失了一位高级成员。蕾纳终于看清了自己的命运从而为了斯凯看清事实而主动被贾盈割喉而死。卡拉因为伪装成梅琳达而被沃德打了三枪使肺部充满血液窒息而死。重伤的芭芭拉活了下来但是还需要长时间的治疗并且她也对她的冤家兰斯·亨特 说出了退出的愿望。科尔森因为接住戈登临死前抛出的水晶致使左手手腕被“石化”，紧要关头被阿方索·麦肯锡用消防斧砍下了左手从而阻止了“石化”继续蔓延。卡尔为了保护黛西而杀死了自己的爱人贾盈，最终接受塔希提重置记忆成为一名安分的宠物医生。梅琳达最后似乎要与安德鲁复合。 沃德受够独角戏，重振“雄风”带领“新头”团队。小小的涟漪最终将会成为海啸，科尔森的左手将会以什么样的姿态重新获得新生？一箱子的水晶掉到海里被鱼吸收后做成了鱼肝油终究会造成什么影响？ 莱奥·菲兹腼腆的向珍玛·西蒙斯约会，腼腆而又窘迫的他用右手不小心的打开了装着外星石头的玻璃。在他离开后，珍玛·西蒙斯被从玻璃窗中涌出的外星石头吸入。她将会如何？……

    这一切谜题都将在2015年9月30日上映的《神盾局特工第三季》中得以揭开。

    美剧《神盾局特工》第三季是根据惊奇漫画中的组织——神盾局所展开的真人电视剧。故事讲诉了菲尔·库尔森和他的团队神盾局特工以及盟友，开始了一项秘密任务——建立一个异人族团队以解决世界的新危机，与此同时，世界上的其他力量也开始寻找着异人族。
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